回答ではD0～D7にも1が入って0011111111111111となっていますが、初期化する時にはD0～D7には0を入れても問題ないのではないのですか？
回答だと初期化の際にすべて8を出力することになると思うのですが、なぜですか？

回答の0011111111111111(16進で3FFF)は
R0～R15(PIO_R)の話となります。

>D0～D7には0を入れても問題ないのではないのですか？

D0～D7に0を入れた上で、
R0～R15に0011111111111111を設定しても
問題ないかと思います。