応用情報技術者 試験情報＆徹底解説

https://www.ap-siken.com/kakomon/23_aki/pm01.html

番号の順番を答える問題で、模範解答と同じ順番で②>④>①>③と記載したにもかかわらず×とされてしまいました。
解答例を見た限りでは恐らく不等号を半角で入力したから(模範解答では全角に見えます)だと考えられますが、実際のCBT試験で全角/半角の違いが正解/不正解に影響することは考えられるでしょうか。

ないと思います。もちろん指定がない場合に限りますが。
仮に影響があったとしても、どちらが正解でどのようなアルゴリズムで正誤判定が行われているかは知る由がないので、それについて悩むのは時間の無駄です。